В 1693 г. беломестным казакам Усть Миасской слободы Захару Сизикову с братом Екимом приказано было основать на краю илецкого бора Салтосарайскую слободу. Наименование свое слобода получила от озера Салтосарайского, на берегу которого она первоначально располагалась. Озеро же было названо так по имени татарского хана Салтосарая (Салтысарека), брата основателя Сибирского ханства Табуги.
По устному преданию, сохранявшемуся до начала XX в., известно, что приход появился, по крайней мере, в начале XVIII столетия. Церковь неоднократно горела и строилась заново на средства прихожан.
Знаменская церковь в с. Салтосарайском перестала действовать с конца 1920-х гг. из-за отсутствия священника, хотя официально, вероятно, не закрывалась.
Здание до начала 1960-х гг. использовалось под склад зерна и разрушалось, однако сохранилось до нашего времени и является выявленным объектом культурного наследия
Курганской области.